与常用于研究不饱和有机化合物的紫外-可见吸收光谱不同，手持光谱仪光源产生的波长要长得多，因而光子能量较低。样品吸收红外辐射后只能引起振动与转动能级的跃迁而不会发生电子能级跃迁。
手持光谱仪分子振动光谱中一般用以研究碳骨架结构，而红外光谱法主要研究在有偶矩变化点化合物。因此除了单原子分子和同核双原子分子以外，几乎所有的有机化合物在红外光区均有吸收。除了光学异构体，某些高分子量的聚合物以及在分子量上只有微小差异的化合物外，结构不同的两个化合物不会具有相同的红外光谱。
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